Моделирование из органических молекул

В самом начале были неорганические молекулы, затем, под влиянием некоторых факторов появились органические молекулы, после чего из органических молекул появились первые белковые соединения. И, в течение следующих трех миллиардов лет эволюции был пройден путь от простейших белковых молекул, до сложных биологических организмов, которыми являемся и мы с вами. И в течение многих лет ученые пытаются изучить этот длительный эволюционный путь.

Для решения этого научного вопроса компания EvoGrid, основываясь на известной, если не сказать исторической, программе распределенных вычислений SETI@Home создала свой набор программ, которые используют невостребованную вычислительную мощность для моделирования сложных, выходящих за рамки шаблонных, процессов перехода от простых органических соединений до сложных белковых молекул.

Для организации распределенных вычислений используются две программы с полностью открытым кодом, одна программа является коммуникационной, т.е. обеспечивает связь и взаимодействие между компьютерами, вторая выполняет собственно моделирование биохимических процессов. Коммуникационная программа Boinc в настоящий момент уже связывает более чем 500 тысяч компьютеров, обеспечивающих суммарную вычислительную мощность, которая более чем в два раза превосходит мощность самого сильного суперкомпьютера в мире.

Программа моделирования, Gromacs, создает этакий «виртуальный суп» из органических молекул в компьютере и затем моделирует беспорядочное соединение этих молекул. Правда, не совсем беспорядочное, а с учетом основных правил органической и неорганической химии. Такое моделирование позволит в течение какого-то времени найти пути, по которым развивалась жизнь на Земле и, так же, вероятно обнаружить пути создания совершенно иных, пусть пока и виртуальных, форм жизни.

В течение этого моделирования компания EvoGrid собирается отработать алгоритмы моделирования и получить большие вычислительные ресурсы с помощью которых в дальнейшем будут проводиться разработки новых лекарственных препаратов и изучения сложных заболеваний.

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *